La trufa es un hongo y su desarrollo bajo el suelo coloca varios factores que afectan la obtención de trufas sanas y en consecuencia su comercialización.
El perro y el trufero/cazador de trufas son los elementos más importantes que afectan directamente la cosecha. El primero, debe ubicar solo aquellas trufas en estado de madurez óptima y ojalá todas las que estén en ese estado. El trufero/cazador, debe certificar y cosechar solo las trufas maduras para extraerlas. Lo anterior, indica que tanto el trufero y el perro deben ser experimentados en una rutina de caza de trufas.
Una trufa inmadura que tiene leve aroma, pudiese ser marcada por un perro mal entrenado/novato y solo queda al trufero verificar si la trufa está en condiciones de ser cosechada. Una trufa madura que el perro no la detecta o la deja pasar, probablemente iniciará un proceso de sobre-maduración, luego pudrición y quedará expuesta a la acción de insectos. Según información disponible, el porcentaje de trufas que quedan en el suelo al no ser detectadas por un perro puede ser no menor, y de ahí la importancia de asegurar un perro bien capacitado. Si colocamos cifras, no sería errado mencionar que un 50% o más trufas pueden quedar bajo tierra.
Las trufas inmaduras y podridas no tienen provecho comercial y pasan a ser más bien pérdidas, en gran parte atribuible a un deficiente proceso de cosecha.